El trabajo del TNI en el ámbito de Guerra y Pacificación trata sobre la interrelación entre la militarización, la seguridad y la globalización. El proyecto examina las estructuras y los intereses que sustentan una nueva era de guerra permanente, pone de relieve las tecnologías de control y represión, destaca las consecuencias que sufren las personas a las que los grupos de poder consideran amenazantes o inútiles, y aboga por alternativas basadas en la consolidación de la paz, la transformación del conflicto y el respeto de las derechos humanos.